เมื่อแรกสถาปนามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ในปี พ.ศ. 2486 นั้น การเรียนการสอนในสาขาวิทยาศาสตร์ ได้รับการจัดตั้งเป็นแผนกเคมี ในสังกัดคณะเกษตร และแผนกชีววิทยา ในสังกัดคณะประมง รวมทั้ง มีการสอนวิชาคณิตศาสตร์และสถิติในคณะสหกรณ์ ต่อมา สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จึงมีมติให้จัดตั้ง "คณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์" [7][8] ขึ้นเมื่อวันที่ วันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2509 โดยให้ถือเป็นวันสถาปนา คณะวิทยาศาสตร์ [9][10]

ต่อมา ในปี พ.ศ. 2517 ได้มีการจัดตั้ง คณะสังคมศาสตร์ [11] จึงมีการโอนภาควิชาสังคมศาสตร์ฯ ไปสังกัดคณะสังคมศาสตร์ และในปี พ.ศ. 2524 ภาควิชาภาษา ได้โอนไปสังกัด คณะมนุษยศาสตร์ [12][13] ดังนั้น คณะวิทยาศาสตร์และอักษรศาสตร์ จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น "คณะวิทยาศาสตร์"